Después que las hazañas de Jason Bourne en Manhattan atraen la atención de los medios sobre el programa de desarrollo de la CIA, el jefe ejecutivo del programa comienza violentamente a eliminar todos los rastros de su existencia, incluyendo al altamente cualificado Aaron Cross. Sin embargo, Cross elude a sus perseguidores iniciales, y junto con un científico asustada, embarca en una misión para exponer la verdad.
